01镜检失败或困难
精囊镜检查术中寻找双侧射精管开口是手术的关键，熟练掌握输尿管镜技术、观看手术录像和大型三甲医院现场学习等方式可辅助提高手术成功率。发现开口不清时避免盲目试探，应预先判断射精管开口相应位置(通常位于前列腺小囊后方5点和7点处)，适当加大灌注压，于可疑开口处用斑马导丝或硬膜外导管插约0.5cm，有时射精管开口处有薄膜状组织覆盖，可用钬激光点状击破后观察；一侧不成功时应果断放弃，转向寻找对侧管口；如双侧均不成功，视野清晰，可谨慎选择经尿道射精管口切开术后再次寻找，如术中操作困难，应及时放弃手术，减少尿道、精道、前列腺甚至直肠损伤的并发症。
02尿道损伤
主要有术者经验不足、操作不当、暴力进镜等造成。单纯尿道黏膜损伤可暂不处理；如尿道穿破则需停止手术，留置导尿管二周。
03精道损伤
包括射精管开口和射精管损伤。精囊损伤相对少见，多发生在精囊镜学习曲线过程中。由于射精管开口解剖变异和慢性炎症，部分患者可能出现射精管开口细小或狭窄甚至闭锁，术中可能由于视野不清难以找到射精管开口，若暴力操作，此时容易导致射精管开口损伤或射精管假道。术后可能出现射精管及开口狭窄、闭塞而导致精道远端梗阻。
04直肠损伤
主要由术者经验不足、操作不当、暴力进镜等造成，多发生在精囊镜学习曲线过程中。一旦发现若术前肠道准备充分，腹膜外直肠损伤可予以禁食、营养支持等保守治疗；如肠道准备不足或发生了高位直肠的损伤，则需外科手术干预。
05精道狭窄、梗阻
术中若发生了明显射精管开口和射精管副损伤以及曾行射精管口切开的患者，术后远期可能出现射精管狭窄与继发梗阻。术中应遵循自然腔道无损伤原则，术后早期嘱患者规律排精，可减少术后射精管开口发生粘连狭窄的可能性。
06术后血尿和生殖道感染
血尿一般轻微，不需要特殊处理。术中精囊镜检注水冲洗和术后留置尿管均可能导致生殖道逆行感染，多数学者建议预防性应用抗生素、低压灌注、早期拔出导尿管。
